Trên chuyến xe buýt định mệnh, Sakura vô tình chứng kiến một cảnh tượng kinh hoàng: một nhóm người bị thiêu rụi bởi ngọn lửa xanh bí ẩn, trước mặt họ là một nam sinh trung học lạnh lùng. Sự việc càng trở nên kỳ lạ hơn khi một học sinh mới chuyển đến trường cô lại giống hệt kẻ sát nhân mà Sakura đã gặp. Sự trùng hợp ngẫu nhiên này đã kéo Sakura vào vòng xoáy bí ẩn của tổ chức ngầm mang tên Code: Breaker – những người thi hành công lý ngoài vòng pháp luật bằng những năng lực siêu nhiên đặc biệt. Điều khiến Sakura trở nên đặc biệt chính là khả năng miễn nhiễm với sức mạnh của Code: Breaker. Tuy nhiên, mỗi lần chống lại năng lực của họ, cô phải trả giá bằng việc bị thu nhỏ lại thành kích thước của một con búp bê.
Bên trong tổ chức Code: Breaker, Sakura dần khám phá ra những bí mật đen tối và những nhân vật đầy quyền lực. Một trong số đó là Masaomi Heike, Code:02 và là một trong bốn người sáng lập tổ chức EDEN – tổ chức đứng sau Code: Breaker. Sở hữu sức mạnh của ánh sáng, Heike đóng vai trò quan trọng trong việc giám sát và điều khiển các Code: Breaker khác. Tuy nhiên, ẩn sâu bên trong vẻ ngoài điềm tĩnh là một bí mật liên quan đến tuổi tác thật sự và nguồn gốc năng lượng đặc biệt của anh ta.
Trung tâm của câu chuyện là Oogami Rei, một Code: Breaker bí ẩn với cánh tay trái sở hữu năng lực phi thường, có khả năng tạo ra bảy loại lửa khác nhau, mỗi loại mang một sức mạnh hủy diệt riêng biệt. Rei là một nhân vật phức tạp, luôn bị giằng xé giữa công lý cá nhân và luật lệ của tổ chức. Hành trình của Sakura cùng Rei và những thành viên khác của Code: Breaker sẽ dẫn dắt người đọc vào một thế giới ngầm đầy rẫy những âm mưu, bí mật và những trận chiến siêu nhiên nghẹt thở. Đắm chìm trong thế giới của “Code: Breaker”, một tác phẩm đầy mê hoặc của tác giả Kamijyo Akimine, để khám phá những bí ẩn đằng sau tổ chức EDEN và số phận của những con người mang trong mình sức mạnh đặc biệt.
