“Người đi vắng”, ngay từ cái tên đã gợi lên vô vàn cảm xúc: cô đơn, vô hình, bí ẩn, khoảng trống. Xuất bản năm 1999, tiểu thuyết này đánh dấu bước chuyển mình của Nguyễn Bình Phương vào thế giới vô thức, mộng mị, hồng hoang – một dòng chảy tiếp tục được khám phá trong “Trí nhớ suy tàn” (2000) và “Thoạt kỳ thuỷ” (2004). Cư dân trong thế giới “Người đi vắng” là những hồn ma vất vưởng, những kẻ sống dở chết dở, cùng những hình ảnh thiên nhiên hư ảo như dòng sông, giọt sương, tiếng chuông… Trung tâm của câu chuyện là Hoàn, một nhân vật nữ đầy bí ẩn, có thể nói là “người đi vắng” ly kỳ nhất. Mở đầu tác phẩm là mối tình tay ba đầy rắc rối của Hoàn với Thắng (chồng) và Cương (người tình). Một tai nạn xe hơi đẩy Hoàn xuống vực, thân xác tan vỡ nhưng linh hồn lại phiêu dạt. Xuyên suốt tiểu thuyết, những giấc mơ kỳ lạ của Hoàn đan xen với ký ức, dư vị, dấu ấn mà thân xác nhục dục của cô để lại trong tâm trí hai người đàn ông.
Tình yêu, tình dục và tâm linh gắn kết chặt chẽ, hiện lên lung linh, khó phân định ranh giới giữa vật chất và tinh thần, giằng co nhau qua những sợi dây thần bí. “Người đi vắng” là một câu chuyện tình bất thường của những con người bất kham và bất an. Nguyễn Bình Phương dường như có một thẩm mỹ riêng khi xây dựng nhân vật nữ. Nếu như các cô gái của Bảo Ninh mang “dáng đi mềm mại đung đưa toàn thân”, người đàn bà quyến rũ nhất trong văn Trần Vũ lại hiện lên trong tư thế quỳ, thì ở “Người đi vắng”, Hoàn lại gắn liền với dáng nằm. Nằm khi yêu chồng: “Hoàn trở mình nằm ngửa, một cánh tay vắt qua đùi Thắng, khuôn mặt buông lỏng, thảnh thơi…”. Nằm khi bên người tình: “Hoàn bị bẻ cong lưng, nửa người trên giường nửa duỗi thẳng ra nền nhà, tóc đổ tràn xuống”. Và nằm cả khi cận kề cái chết: “Hoàn nằm thiêm thiếp mồm hé mở, một ống nhựa […] bắt từ mũi ra ngoài buông thõng ở mép giường”. Dáng nằm của Hoàn không chỉ là một tư thế, mà còn là một ẩn dụ cho số phận của cô. Mặc dù Nguyễn Bình Phương sau này có viết truyện ngắn “Đi” và tiểu thuyết “Ngồi”, nhưng hai tư thế đó lại được dành cho nhân vật nam.
Không chỉ riêng Hoàn, mà hầu hết nhân vật trong “Người đi vắng”, từ Thắng, Cương đến Thư, đều mang trong mình nỗi bất an, đều là những “người đi vắng” theo một cách nào đó. Tiểu thuyết được cấu trúc bằng vô số đối thoại và độc thoại đan xen, khiến người đọc khó lòng phân biệt được ai là người nói. Giọng kể như vọng lên từ cõi âm, hòa lẫn với những âm thanh kỳ lạ, như tiếng rao “khàn khàn ủ ê” của ông thiến lợn vang vọng xuyên suốt tác phẩm mà không ai biết mặt. Thế giới trong “Người đi vắng” vừa vắng lặng vừa đầy ắp, vừa im lặng vừa ồn ào, vừa vô hình vừa hữu hình, thật giả lẫn lộn, âm dương giao thoa. Đặc biệt, Nguyễn Bình Phương đã mạnh dạn biến tình dục thành một đối tượng nghiên cứu và một phương tiện nghệ thuật chủ đạo. Tình dục trong “Người đi vắng” tồn tại như một chất liệu, thậm chí là một chủ đề văn học độc lập, không ẩn dụ, không hàm ý. Đây chính là thành công lớn nhất của Nguyễn Bình Phương trong cuộc tìm tòi, thể nghiệm nghệ thuật đầy quyết liệt này. “Người đi vắng” được đánh giá là một tác phẩm xuất sắc, mang đậm dấu ấn cá nhân của Nguyễn Bình Phương, hứa hẹn sẽ gây tiếng vang lớn trong làng văn học Việt Nam và vươn ra thế giới.